Maak een ExpressionSet-object

Drie verschillende gegevenssets voor één experiment beheren is lastig en foutgevoelig, zeker als je moet filteren. Combineer de 3 gegevenssets uit het leukemie-experiment in één object met de Bioconductor-klasse ExpressionSet.

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

Differentiële-expressieanalyse met limma in R

Bekijk cursus

Oefeninstructies

De expressiematrix (x), featuredata (f) en fenotypedata (p) zijn geladen in je werkruimte.

Maak een nieuw ExpressionSet-object met de functie ExpressionSet.
Geef de expressiematrix door aan het argument assayData.
Geef het fenotypedataframe door aan het argument phenoData.
Geef het featuredataframe door aan het argument featureData.

Interactieve oefening met praktijkervaring

Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.

# Load package
library(Biobase)

# Create ExpressionSet object
eset <- ___(assayData = ___,
                      phenoData = AnnotatedDataFrame(___),
                      featureData = AnnotatedDataFrame(___))

# View the number of features (rows) and samples (columns)
dim(eset)

Code bewerken en uitvoeren