Controleer bronnen van variatie

Nu ga je principal component analysis gebruiken om de bronnen van variatie in de gegevens te onderzoeken. Clusteren de monsters op genotype (WT vs. Top2b null) en behandeling (PBS vs. Dox)?

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

Differentiële-expressieanalyse met limma in R

Cursus bekijken

Oefeninstructies

Het ExpressionSet-object eset met de doxorubicinegegevens is geladen in je werkomgeving. Het limma-pakket is al geladen.

Gebruik plotMDS om de principal components te plotten. Label de monsters op basis van hun genotype.
Visualiseer de principal components nog eens en label de monsters nu op basis van hun behandeling.

Praktische interactieve oefening

Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.

# Plot principal components labeled by genotype
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")

# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")

Code bewerken en uitvoeren