Controleer bronnen van variatie

Nu ga je principal component analysis gebruiken om de bronnen van variatie in de gegevens te onderzoeken. Clusteren de monsters op genotype (WT vs. Top2b null) en behandeling (PBS vs. Dox)?

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

Differentiële-expressieanalyse met limma in R

Bekijk cursus

Oefeninstructies

Het ExpressionSet-object eset met de doxorubicinegegevens is geladen in je werkomgeving. Het limma-pakket is al geladen.

Gebruik plotMDS om de principal components te plotten. Label de monsters op basis van hun genotype.
Visualiseer de principal components nog eens en label de monsters nu op basis van hun behandeling.

Interactieve oefening met praktijkervaring

Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.

# Plot principal components labeled by genotype
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")

# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")

Code bewerken en uitvoeren