Test op differentiële expressie voor 3 groepen
Nu je de designmatrix en de contrastenmatrix hebt opgegeven, kun je testen op differentiële expressie.
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
Differentiële-expressieanalyse met limma in R
Oefeninstructies
Het ExpressionSet-object eset met de hypoxiegegevens, de designmatrix (design) en de contrastenmatrix (cm) zijn in je werkruimte geladen.
Pas de modelcoëfficiënten met
lmFit.Pas de contrasten met
contrasts.fit.Bereken de t-statistieken met
eBayes.Vat de resultaten samen met
decideTests.
Interactieve oefening met praktijkervaring
Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)