Plot volcano
Selanjutnya, Anda akan membuat plot volcano untuk memvisualisasikan tingkat perbedaan ekspresi pada studi leukemia, yang menampilkan log odds dari perbedaan ekspresi pada sumbu y dan log fold change pada sumbu x.
Latihan ini adalah bagian dari kursus
Analisis Ekspresi Diferensial dengan limma di R
Petunjuk latihan
Objek model terpasang dari studi leukemia pada Bab 2, fit2, telah dimuat ke ruang kerja Anda. Paket limma sudah dimuat.
Buat plot volcano yang menyoroti 5 gen teratas.
Beri label 5 gen teratas dengan simbol gennya dengan meneruskan kolom
symboldari data framefit2$geneske argumennames.
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# Create a volcano plot. Highlight the top 5 genes
___(fit2, highlight = ___, names = ___)