Histogram nilai p

Plot diagnostik yang baik adalah histogram nilai p. Kerapatan besar pada nilai p yang rendah mengindikasikan banyak gen terekspresi berbeda; sedangkan histogram yang terdistribusi seragam mengindikasikan hanya sedikit. Buat histogram nilai p untuk studi leukemia.

Latihan ini adalah bagian dari kursus

Analisis Ekspresi Diferensial dengan limma di R

Lihat Kursus

Petunjuk latihan

Objek model hasil pemfittingan dari studi leukemia pada Bab 2, fit2, telah dimuat dalam workspace Anda. Paket limma sudah dimuat.

Gunakan topTable untuk memperoleh statistik ringkasan untuk setiap gen.
Untuk memperoleh hasil untuk setiap gen, atur argumen number menjadi jumlah baris dari fit2.
Untuk menonaktifkan pengurutan hasil berdasarkan tingkat signifikansi, atur argumen sort.by ke "none".
Gunakan hist untuk membuat histogram nilai p.

Latihan interaktif praktis

Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.

# Obtain the summary statistics for every gene
stats <- ___(fit2, number = ___, sort.by = ___)

# Plot a histogram of the p-values
___(stats[, ___])

Edit dan Jalankan Kode