Visualisasikan efek batch
Dalam eksperimen sel punca olfaktori, terdapat 7 perlakuan dengan 4 replikasi masing-masing sehingga total ada 28 sampel. Namun, 28 sampel ini diproses dalam 4 batch terpisah. Efek dari perlakuan merupakan minat biologis, sedangkan efek dari batch merupakan derau teknis. Dengan menggunakan reduksi dimensi, tentukan mana dari kedua efek ini yang memiliki dampak lebih besar pada data ekspresi gen.
Latihan ini adalah bagian dari kursus
Analisis Ekspresi Diferensial dengan limma di R
Petunjuk latihan
Objek ExpressionSet eset dengan data sel punca olfaktori telah dimuat di workspace Anda.
Gunakan
plotMDSuntuk memplot komponen utama. Beri label sampel berdasarkan perlakuan yang mereka terima, dan aturgene.selectionke"common".Visualisasikan kembali komponen utama, dengan memberi label sampel berdasarkan batch mereka.
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# Load package
library(limma)
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = pData(eset)[, "___"], gene.selection = "___")
# Plot principal components labeled by batch
___(eset, labels = pData(eset)[, "___"], gene.selection = "___")