Matriks kontras untuk 3 grup
Untuk mengidentifikasi gen yang terekspresi berbeda antara masing-masing dari 3 tingkat oksigen, Anda perlu mendefinisikan 3 kontras berpasangan.
Latihan ini merupakan bagian dari kursus
Analisis Ekspresi Diferensial dengan limma di R
Instruksi latihan
Objek ExpressionSet eset dengan data hipoksia dan matriks desain yang baru saja Anda buat (design) telah dimuat ke dalam workspace Anda.
- Gunakan
makeContrastsuntuk mendefinisikan 3 kontras berpasangan. Ingat untuk menggunakan nama kolom dari matriks desain tanpa menggunakan tanda kutip.
Latihan interaktif langsung praktik
Cobalah latihan ini dengan melengkapi kode contoh ini.
# Load package
library(limma)
# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(ox05vox01 = ___ - ___,
ox21vox01 = ___ - ___,
ox21vox05 = ___ - ___,
levels = design)
# View the contrasts matrix
cm