Uji ekpresi diferensial untuk 3 grup
Sekarang setelah Anda menentukan matriks desain dan matriks kontras, Anda dapat menguji ekspresi diferensial.
Latihan ini adalah bagian dari kursus
Analisis Ekspresi Diferensial dengan limma di R
Petunjuk latihan
Objek ExpressionSet eset dengan data hipoksia, matriks desain (design), dan matriks kontras (cm) telah dimuat ke dalam ruang kerja Anda.
Estimasikan koefisien model dengan
lmFit.Sesuaikan kontras dengan
contrasts.fit.Hitung statistik t dengan
eBayes.Ringkas hasilnya dengan
decideTests.
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)