Uji ekpresi diferensial untuk 3 grup
Sekarang setelah Anda menentukan matriks desain dan matriks kontras, Anda dapat menguji ekspresi diferensial.
Latihan ini merupakan bagian dari kursus
Analisis Ekspresi Diferensial dengan limma di R
Instruksi latihan
Objek ExpressionSet eset dengan data hipoksia, matriks desain (design), dan matriks kontras (cm) telah dimuat ke dalam ruang kerja Anda.
Estimasikan koefisien model dengan
lmFit.Sesuaikan kontras dengan
contrasts.fit.Hitung statistik t dengan
eBayes.Ringkas hasilnya dengan
decideTests.
Latihan interaktif langsung praktik
Cobalah latihan ini dengan melengkapi kode contoh ini.
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)