Matriks desain untuk faktorial 2x2
Dalam percobaan faktorial 2x2 untuk menyelidiki pengaruh kekeringan terhadap pertumbuhan pohon ini, 2 jenis pohon Populus yang berbeda ditanam dengan 2 jumlah air yang berbeda. Agar memiliki satu koefisien model per kelompok, Anda perlu terlebih dahulu menggabungkan kedua variabel tersebut.
Latihan ini adalah bagian dari kursus
Analisis Ekspresi Diferensial dengan limma di R
Petunjuk latihan
Objek ExpressionSet eset dengan data Populus telah dimuat di ruang kerja Anda.
Gabungkan variabel
type(jenis pohon) danwater(normal vs. kekeringan) menjadi satu variabel faktor.Gunakan
model.matrixuntuk membuat matriks desain tanpa intersep.
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)
# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)