Uji perbedaan ekspresi untuk faktorial 2x2
Meskipun Anda memiliki lebih banyak kontras dibandingkan contoh sebelumnya, pengujian perbedaan ekspresi dengan limma tetap menggunakan alur kerja yang sama.
Latihan ini adalah bagian dari kursus
Analisis Ekspresi Diferensial dengan limma di R
Petunjuk latihan
Objek ExpressionSet eset dengan data Populus, matriks desain (design), dan matriks kontras (cm) telah dimuat di ruang kerja Anda.
Sesuaikan koefisien model dengan
lmFit.Sesuaikan kontras dengan
contrasts.fit.Hitung statistik t dengan
eBayes.Ringkas hasilnya dengan
decideTests.
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)