Matriks desain untuk 3 grup
Dalam eksperimen hipoksia, sel punca dipaparkan pada 3 tingkat oksigen yang berbeda: 1%, 5%, dan 21%. Untuk membandingkan fungsi seluler dalam ketiga lingkungan ini, gunakan parameterisasi rata-rata grup untuk menentukan model linear dengan sebuah koefisien untuk setiap tingkat oksigen.
Latihan ini adalah bagian dari kursus
Analisis Ekspresi Diferensial dengan limma di R
Petunjuk latihan
Objek ExpressionSet eset dengan data hipoksia telah dimuat ke ruang kerja Anda.
- Gunakan
model.matrixuntuk membuat matriks desain tanpa intersep. Ingat bahwa variabel yang diminati dalam studi ini (3 tingkat oksigen) berada di kolomoxygendari kerangka data fenotipe.
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)