Matriks kontras untuk rata-rata grup

Karena Anda menggunakan parameterisasi rata-rata grup, kini ada satu langkah tambahan dalam pipeline limma. Koefisien sekarang merepresentasikan tingkat ekspresi rata-rata untuk masing-masing dari dua grup sampel, sehingga Anda perlu menentukan kontras kustom untuk menguji perbedaan antara leukemia progresif dan stabil.

Latihan ini adalah bagian dari kursus

Analisis Ekspresi Diferensial dengan limma di R

Lihat Kursus

Petunjuk latihan

Objek eset bertipe ExpressionSet dengan data leukemia dan matriks desain yang baru saja Anda buat (design) telah dimuat ke ruang kerja Anda.

Gunakan makeContrasts untuk mendefinisikan kontras status, yaitu selisih tingkat ekspresi rata-rata antara kanker progresif dan stabil.
Berikan matriks desain design ke argumen levels. Ini memungkinkan nama kolom design (yang sesuai dengan koefisien) digunakan dalam definisi kontras.

Latihan interaktif praktis

Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- ___(status = ___ - ___,
                    levels = ___)

# View the contrasts matrix
cm

Edit dan Jalankan Kode