Matriks kontras

Untuk menguji efek doxorubicin pada jantung tikus wild type dan Top2b null (serta interaksi antara perlakuan dan genotipe), Anda perlu mengontraskan koefisien dari matriks desain.

Latihan ini adalah bagian dari kursus

Analisis Ekspresi Diferensial dengan limma di R

Lihat Kursus

Petunjuk latihan

Objek ExpressionSet eset dengan data doxorubicin dan matriks desain design telah dimuat ke ruang kerja Anda. Paket limma sudah dimuat.

Buat dox_wt untuk menguji efek doxorubicin pada tikus wild type.
Buat dox_top2b untuk menguji efek doxorubicin pada tikus Top2b null.
Buat sebuah istilah interaksi untuk menguji perbedaan respons terhadap doxorubicin antara kedua jenis tikus (petunjuk: kontras dox_top2b dan dox_wt).

Latihan interaktif praktis

Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(dox_wt = ___ - ___,
                    dox_top2b = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Edit dan Jalankan Kode