Matriks rancangan untuk model rata-rata per grup
Pada bab sebelumnya, Anda menguji data leukemia untuk ekspresi diferensial menggunakan parameterisasi kontras perlakuan tradisional. Sebagai langkah awal mempelajari parameterisasi rata-rata per grup yang lebih fleksibel, Anda akan menguji ulang data leukemia untuk memastikan Anda memperoleh hasil yang sama.
Latihan ini merupakan bagian dari kursus
Analisis Ekspresi Diferensial dengan limma di R
Instruksi latihan
Objek ExpressionSet eset dengan data leukemia telah dimuat ke dalam workspace Anda.
- Gunakan
model.matrixuntuk membuat matriks rancangan tanpa intersep. Ingat bahwa variabel yang menjadi fokus studi ini (kanker progresif vs. stabil) berada pada kolomDiseasedari data frame fenotipe.
Latihan interaktif langsung praktik
Cobalah latihan ini dengan melengkapi kode contoh ini.
# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)