Plot vulkano
Sekarang Anda akan memvisualisasikan tingkat perbedaan ekspresi untuk setiap contrast dengan plot vulkano, yang menampilkan log odds dari perbedaan ekspresi pada sumbu y terhadap log fold change pada sumbu x.
Latihan ini adalah bagian dari kursus
Analisis Ekspresi Diferensial dengan limma di R
Petunjuk latihan
Objek model terpasang fit2 telah dimuat ke ruang kerja Anda. Paket limma sudah dimuat.
Akses simbol gen (
symbol) dari data framefit2$genes.Buat plot vulkano yang menyoroti 5 gen teratas untuk masing-masing dari 3 contrast.
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# Extract the gene symbols
gene_symbols <- fit2$genes[___]
# Create a volcano plot for the contrast dox_wt
___(fit2, coef = ___, highlight = 5, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast dox_top2b
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast interaction
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = ___)