Menentukan model linear untuk membandingkan 2 grup
Untuk mengidentifikasi gen yang tereskpresi secara diferensial pada percobaan leukemia, Anda perlu menerjemahkan model linear berikut ke dalam R:
dengan \(X_{1}\) bernilai 1 untuk kanker progresif dan 0 untuk kanker stabil (catatan: R secara otomatis memilih kondisi dasar berdasarkan urutan alfabet).
Latihan ini merupakan bagian dari kursus
Analisis Ekspresi Diferensial dengan limma di R
Instruksi latihan
Objek ExpressionSet eset dengan data leukemia telah dimuat ke dalam workspace Anda.
- Gunakan
model.matrixuntuk menyusun matriks desain dengan koefisien intersep dan koefisien yang menunjukkan status penyakit.
Latihan interaktif langsung praktik
Cobalah latihan ini dengan melengkapi kode contoh ini.
# Create design matrix for leukemia study
design <- ___(~___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)