Kategori gene ontology

Pada latihan sebelumnya, Anda menguji pemerkayaan jalur biologis. Sekarang Anda akan menguji pemerkayaan pada himpunan gen yang diketahui memengaruhi proses biologis yang sama, yang dikenal sebagai kategori gene ontology (GO). Kategori GO mana yang berlebihan (over-represented) pada gen yang terekspresi berbeda dari studi leukemia?

Latihan ini adalah bagian dari kursus

Analisis Ekspresi Diferensial dengan limma di R

Lihat Kursus

Petunjuk latihan

Objek model hasil pemfittingan dari studi leukemia pada Bab 2, fit2, telah dimuat di ruang kerja Anda. Paket limma sudah dimuat.

Ekstrak ID Gen entrez dari data frame fit2$genes.
Uji kategori GO yang diperkaya dengan goana. Atur spesies ke "Hs" untuk Homo sapiens.
Lihat 20 kategori GO teratas yang diperkaya dengan topGO. Atur argumen ontology ke "BP" untuk mengembalikan Biological Processes.

Latihan interaktif praktis

Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.

# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___

# Test for enriched GO categories
enrich_go <- ___(fit2[1:500, ], geneid = ___, species = ___)

# View the top 20 enriched GO Biological Processes
___(enrich_go, ontology = ___)

Edit dan Jalankan Kode