Jalur KEGG
Untuk membantu menafsirkan hasil ekspresi diferensial, teknik umum adalah menguji pengayaan pada himpunan gen yang sudah diketahui. Basis data KEGG berisi himpunan gen terkurasi yang diketahui saling berinteraksi dalam jalur biologis yang sama. Jalur KEGG mana yang terwakili berlebihan pada gen yang terekspresi berbeda dari studi leukemia?
Latihan ini merupakan bagian dari kursus
Analisis Ekspresi Diferensial dengan limma di R
Instruksi latihan
Objek model yang telah difit dari studi leukemia pada Bab 2, fit2, telah dimuat ke dalam ruang kerja Anda. Paket limma sudah dimuat.
Ekstrak ID Gen entrez dari data frame
fit2$genes.Uji jalur KEGG yang mengalami pengayaan dengan
kegga. Atur spesies ke"Hs"untuk Homo sapiens.Lihat 20 jalur KEGG terkaya teratas dengan
topKEGG.
Latihan interaktif langsung praktik
Cobalah latihan ini dengan melengkapi kode contoh ini.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- fit2$genes[___]
# Test for enriched KEGG Pathways
enrich_kegg <- ___(fit2, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 20 enriched KEGG pathways
___(enrich_kegg)