Pengkayaan jalur
Untuk lebih memahami dampak gen yang terekspresi diferensial dalam studi doxorubicin, Anda akan menguji pengkayaan jalur biologis yang sudah dikenal dan dikurasi dalam basis data KEGG. Jalur KEGG mana yang terwakili berlebihan pada gen yang terekspresi diferensial untuk kontras "dox_wt" dan "interaction"?
Latihan ini adalah bagian dari kursus
Analisis Ekspresi Diferensial dengan limma di R
Petunjuk latihan
Objek model hasil pemodelan fit2 telah dimuat di ruang kerja Anda. Paket limma sudah dimuat.
Ekstrak ID gen Entrez dari data frame
fit2$genes.Uji jalur KEGG yang diperkaya dengan
keggauntuk kontras"dox_wt". Tetapkan spesies ke"Mm"untuk Mus musculus.Lihat 5 jalur KEGG teratas yang diperkaya dengan
topKEGG.Ulangi pengkayaan jalur untuk kontras
"interaction".
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast dox_wt
enrich_dox_wt <- ___(fit2, coef = ___, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(enrich_dox_wt, number = 5)
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast interaction
enrich_interaction <- ___(fit2, coef = ___, geneid = ___, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(___, number = ___)