Buat boxplot dengan objek ExpressionSet
Sekarang setelah Anda menggabungkan semua data eksperimen ke dalam satu objek ExpressionSet, akan lebih mudah untuk melakukan subset fitur dan sampel. Dalam latihan ini, Anda akan kembali membuat boxplot untuk memvisualisasikan satu gen, tetapi kali ini juga melakukan subset sampel yang disertakan dalam plot.
Latihan ini adalah bagian dari kursus
Analisis Ekspresi Diferensial dengan limma di R
Petunjuk latihan
ExpressionSet eset telah dimuat ke dalam workspace Anda.
Lakukan subset
esethanya ke 10 sampel (kolom) pertama.Buat boxplot untuk gen ke-1000 (yaitu baris) di
eset_submenggunakan fungsi aksesexprs,pData, danfData.
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# Subset to only include the first 10 samples (columns)
eset_sub <- eset[___]
# Check the dimensions of the subset
dim(eset_sub)
# Create a boxplot of the 1000th gene in eset_sub
boxplot(___(eset_sub)[___, ] ~ ___(eset_sub)[, "Disease"],
main = ___(eset_sub)[___, "symbol"])