Uji perbedaan ekspresi antara 2 kelompok
Sekarang Anda telah memiliki objek ExpressionSet dan matriks desain, Anda dapat melakukan fitting dan menguji model dengan limma.
Latihan ini adalah bagian dari kursus
Analisis Ekspresi Diferensial dengan limma di R
Petunjuk latihan
Objek ExpressionSet eset dengan data leukemia dan matriks desain yang baru saja Anda buat (design) telah dimuat ke dalam workspace Anda.
Lakukan fitting koefisien model dengan
lmFit.Hitung statistik t dengan
eBayes.Ringkas hasilnya dengan
decideTests.Karena tidak masuk akal untuk menguji suku intersep, tentukan koefisien
"Diseasestable"saat menjalankandecideTests.
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Calculate the t-statistics
fit <- ___(fit)
# Summarize results
results <- ___(fit[, "___"])
summary(results)