Uji perbedaan ekspresi antara 2 kelompok
Sekarang Anda telah memiliki objek ExpressionSet dan matriks desain, Anda dapat melakukan fitting dan menguji model dengan limma.
Latihan ini merupakan bagian dari kursus
Analisis Ekspresi Diferensial dengan limma di R
Instruksi latihan
Objek ExpressionSet eset dengan data leukemia dan matriks desain yang baru saja Anda buat (design) telah dimuat ke dalam workspace Anda.
Lakukan fitting koefisien model dengan
lmFit.Hitung statistik t dengan
eBayes.Ringkas hasilnya dengan
decideTests.Karena tidak masuk akal untuk menguji suku intersep, tentukan koefisien
"Diseasestable"saat menjalankandecideTests.
Latihan interaktif langsung praktik
Cobalah latihan ini dengan melengkapi kode contoh ini.
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Calculate the t-statistics
fit <- ___(fit)
# Summarize results
results <- ___(fit[, "___"])
summary(results)