Buat objek ExpressionSet

Mengelola 3 himpunan data yang berbeda untuk satu eksperimen itu melelahkan dan rawan kesalahan, terutama jika Anda perlu melakukan penyaringan. Gabungkan ketiga himpunan data dari eksperimen leukemia ke dalam satu objek terpadu menggunakan kelas Bioconductor ExpressionSet.

Latihan ini adalah bagian dari kursus

Analisis Ekspresi Diferensial dengan limma di R

Lihat Kursus

Petunjuk latihan

Matriks ekspresi (x), data fitur (f), dan data fenotipe (p) telah dimuat ke ruang kerja Anda.

Buat objek ExpressionSet baru menggunakan fungsi ExpressionSet.
Berikan matriks ekspresi ke argumen assayData.
Berikan data frame fenotipe ke argumen phenoData.
Berikan data frame fitur ke argumen featureData.

Latihan interaktif praktis

Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.

# Load package
library(Biobase)

# Create ExpressionSet object
eset <- ___(assayData = ___,
                      phenoData = AnnotatedDataFrame(___),
                      featureData = AnnotatedDataFrame(___))

# View the number of features (rows) and samples (columns)
dim(eset)

Edit dan Jalankan Kode