Uji perbedaan ekspresi untuk rata-rata kelompok

Sekarang setelah Anda menetapkan matriks desain dan matriks kontras, Anda dapat menguji perbedaan ekspresi.

Latihan ini adalah bagian dari kursus

Analisis Ekspresi Diferensial dengan limma di R

Petunjuk latihan

Objek ExpressionSet eset dengan data leukemia, matriks desain (design), dan matriks kontras (cm) telah dimuat ke ruang kerja Anda.

Sesuaikan koefisien model dengan lmFit.
Sesuaikan kontras dengan contrasts.fit.
Hitung statistik t dengan eBayes.
Ringkas hasil dengan decideTests. Anda tidak perlu melakukan subset pada fit2 seperti pada parameterisasi treatment-contrasts karena tidak ada suku intersep dalam model rata-rata kelompok.

Latihan interaktif praktis

Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.

# Load package
library(limma)

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)

Edit dan Jalankan Kode