Histogram p-value

Setelah melakukan pengujian, konfirmasikan bahwa model telah ditetapkan dengan benar dengan meninjau distribusi p-value untuk setiap kontras. Ingat bahwa distribusi p-value yang seragam diharapkan untuk kontras dengan sedikit gen yang terekspresi berbeda, dan distribusi yang condong ke kanan diharapkan untuk kontras dengan banyak gen yang terekspresi berbeda.

Latihan ini adalah bagian dari kursus

Analisis Ekspresi Diferensial dengan limma di R

Lihat Kursus

Petunjuk latihan

Objek model terpasang fit2 telah dimuat di ruang kerja Anda. Paket limma sudah dimuat.

Gunakan topTable untuk memperoleh statistik ringkasan untuk setiap gen pada kontras "dox_wt". Atur jumlah gen yang dikembalikan sama dengan jumlah baris fit2.
Ulangi untuk kontras "dox_top2b" dan "interaction".
Gunakan hist untuk membuat histogram p-value untuk masing-masing dari tiga kontras tersebut.

Latihan interaktif praktis

Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.

# Obtain the summary statistics for the contrast dox_wt
stats_dox_wt <- ___(fit2, coef = ___, number = ___,
                         sort.by = "none")
# Obtain the summary statistics for the contrast dox_top2b
stats_dox_top2b <- ___(fit2, coef = ___, number = ___,
                            sort.by = "none")
# Obtain the summary statistics for the contrast interaction
stats_interaction <- ___(fit2, coef = ___, number = ___,
                              sort.by = "none")

# Create histograms of the p-values for each contrast
___(stats_dox_wt[___])
___(stats_dox_top2b[___])
___(stats_interaction[___])

Edit dan Jalankan Kode