Periksa sumber variasi
Selanjutnya Anda perlu menggunakan analisis komponen utama untuk memeriksa sumber variasi dalam data. Apakah sampel mengelompok berdasarkan genotipe mereka (WT vs. Top2b null) dan perlakuan (PBS vs. Dox)?
Latihan ini merupakan bagian dari kursus
Analisis Ekspresi Diferensial dengan limma di R
Instruksi latihan
Objek ExpressionSet eset dengan data doxorubicin telah dimuat di ruang kerja Anda. Paket limma sudah dimuat.
Gunakan
plotMDSuntuk memplot komponen utama. Beri label sampel berdasarkan genotipe mereka.Visualisasikan kembali komponen utama, dengan memberi label sampel berdasarkan perlakuannya.
Latihan interaktif langsung praktik
Cobalah latihan ini dengan melengkapi kode contoh ini.
# Plot principal components labeled by genotype
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")