Matriks kontras untuk faktorial 2x2

Ada banyak kontras yang dapat dibuat dalam desain faktorial 2x2. Anda perlu menguji perbedaan jenis pohon pada masing-masing kondisi air, perbedaan respons terhadap kekeringan untuk setiap jenis pohon, serta perbedaan respons terhadap kekeringan antara kedua jenis pohon (secara tradisional disebut sebagai efek interaksi).

Latihan ini adalah bagian dari kursus

Analisis Ekspresi Diferensial dengan limma di R

Lihat Kursus

Petunjuk latihan

Objek ExpressionSet eset dengan data Populus dan matriks desain yang baru saja Anda buat (design) telah dimuat ke ruang kerja Anda.

Buat type_drought untuk menguji pengaruh jenis pohon (NM6 vs. DN34) pada kondisi kekeringan.
Buat water_dn34 untuk menguji pengaruh kekeringan pada pohon DN34.
Buat istilah interaksi untuk menguji perbedaan respons terhadap kekeringan antara kedua jenis pohon (petunjuk: bandingkan water_nm6 dan water_dn34).

Latihan interaktif praktis

Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(type_normal = nm6.normal - dn34.normal,
                    type_drought = ___ - ___,
                    water_nm6 = nm6.drought - nm6.normal,
                    water_dn34 = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Edit dan Jalankan Kode