Uji perbedaan ekspresi
Sekarang setelah Anda mendefinisikan matriks desain dan matriks kontras, Anda dapat menguji perbedaan ekspresi akibat perlakuan doxorubicin pada dua jenis tikus.
Latihan ini adalah bagian dari kursus
Analisis Ekspresi Diferensial dengan limma di R
Petunjuk latihan
Objek ExpressionSet eset dengan data doxorubicin, matriks desain design, dan matriks kontras cm telah dimuat ke ruang kerja Anda. Paket limma sudah dimuat.
Sesuaikan koefisien model dengan
lmFit.Sesuaikan kontras dengan
contrasts.fit.Hitung statistik t dengan
eBayes.Ringkas hasilnya dengan
decideTestsdanvennDiagram.
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)
# Create a Venn diagram
___(results)