Matriks desain
Eksperimen doxorubicin menggunakan desain faktorial 2x2, sehingga Anda perlu membuat variabel gabungan untuk digunakan dalam parameterisasi rerata per kelompok (group-means).
Latihan ini adalah bagian dari kursus
Analisis Ekspresi Diferensial dengan limma di R
Petunjuk latihan
Objek eset bertipe ExpressionSet berisi data doxorubicin telah dimuat ke ruang kerja Anda.
Gabungkan variabel
genotype(WT vs. Top2b null) dantreatment(PBS vs. Dox) menjadi satu variabel faktor.Gunakan
model.matrixuntuk membuat matriks desain tanpa intersep.
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)
# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)