Partitionner le génome de la levure
Les génomes sont souvent volumineux, mais l'intérêt porte généralement sur des régions précises. Il faut donc extraire des sous-ensembles d'un génome en récupérant certaines parties. Pour choisir un intervalle de séquence, utilisez getSeq() et indiquez le nom du chromosome ainsi que le début et la fin de l'intervalle.
L'exemple suivant sélectionne les bases de "chrI" de 100 à 150.
getSeq(yeastGenome, names = "chrI", start = 100, end = 150)
Remarque : names est facultatif; s'il n'est pas précisé, la fonction retournera tous les chromosomes. Les paramètres start et end sont aussi facultatifs et, s'ils ne sont pas précisés, prendront respectivement les valeurs par défaut 1 et la longueur de la séquence.
Cette activité fait partie du cours
Introduction à Bioconductor en R
Instructions de l’exercice
- Utilisez
getSeq()pour obtenir les 30 premières bases du chromosome M ("chrM") dans l'objetyeastGenome.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Load the yeast genome
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)
# Assign data to the yeastGenome object
yeastGenome <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3
# Get the first 30 bases of chrM
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