Repérer une région conservée dans six cadres de lecture
Félicitations pour votre progression jusqu'ici!
Vous allez maintenant rechercher la séquence de la protéine NS5 dans la séquence du virus Zika. La NS5 est une protéine virale très conservée. Elle a été téléversée et chargée pour vous à partir de Uniprot.
La séquence ADN du virus Zika a été transcrite en un RNAStringSet, nommé rnaframesZikaSet. L'ensemble contient six cadres de lecture (un par séquence) que vous devrez traduire en acides aminés. Pour la recherche, vous définirez l'argument max.mismatch dans votre appel à vcountPattern() afin d'ajouter de la flexibilité à votre recherche.
Cette activité fait partie du cours
Introduction à Bioconductor en R
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Print rnaframesZikaSet
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# Translate rnaframesZikaSet
AAzika6F <- ___(___)
AAzika6F