Introduction à la biologie des ensembles de données génomiques

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Introduction à Bioconductor en R

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Dans ce chapitre, vous allez prendre en main Bioconductor. Bioconductor est le dépôt spécialisé pour les logiciels de bio-informatique, développé et maintenu par la communauté R. Vous apprendrez à installer et à utiliser des forfaits Bioconductor. Vous serez initié aux objets et fonctions S4, puisque la plupart des forfaits de Bioconductor en héritent. De plus, vous utiliserez un jeu de données génomiques réel d'un champignon pour explorer le forfait BSgenome.

Exercise 1: Introduction au projet Bioconductor Exercise 2: Version de Bioconductor Exercise 3: BiocManager pour installer des packages Exercise 4: Le rôle de S4 dans Bioconductor Exercise 5: Définition de classe S4 Exercise 6: Interaction avec les classes Exercise 7: Introduction à la biologie des ensembles de données génomiques

Exercice en cours

Exercise 8: Explorer le génome de la levure Exercise 9: Partitionner le génome de la levure Exercise 10: Génomes disponibles

Les objets Biostrings sont des conteneurs de chaînes efficaces en mémoire. Biostrings propose des algorithmes de recherche de correspondances et d'autres utilitaires pour manipuler rapidement de longues séquences biologiques ou des ensembles de séquences. À quel point pouvez-vous gagner en efficacité en choisissant les bons conteneurs pour vos séquences? Vous apprendrez les alphabets et la manipulation de séquences en utilisant le petit génome d'un virus.

Exercise 1: Introduction à Biostrings Exercise 2: Explorer la séquence du virus Zika Exercise 3: Conteneurs Biostrings Exercise 4: Manipuler des Biostrings Exercise 5: Manipulation des séquences Exercise 6: D'un ensemble à une séquence unique Exercise 7: Sous-ensemble d'un ensemble Exercise 8: Fonctions courantes de manipulation de séquences Exercise 9: Pourquoi s'intéresser aux motifs ?Exercise 10: Recherche d'un motif Exercise 11: Repérer les palindromes Exercise 12: Repérer une région conservée dans six cadres de lecture Exercise 13: Recherche d'une correspondance

Les forfaits IRanges et GenomicRanges sont aussi des conteneurs pour stocker et manipuler des intervalles génomiques et des variables définies le long d'un génome. Ces forfaits offrent une infrastructure et un soutien à de nombreux autres forfaits Bioconductor grâce à leurs fonctionnalités enrichissantes. Vous apprendrez à utiliser ces conteneurs et leurs métadonnées associées pour manipuler vos séquences. Le jeu de données que vous examinerez porte sur un gène particulier d'intérêt dans le génome humain.

Exercise 1: IRanges et structures génomiques Exercise 2: IRanges Exercise 3: Construire des IRanges Exercise 4: Interagir avec IRanges Exercise 5: Gène d'intérêt Exercise 6: Des données tabulaires aux Genomic Ranges Exercise 7: Accesseurs GenomicRanges Exercise 8: Mutation d'ABCD1 Exercise 9: Chromosome X du génome humain Exercise 10: Manipuler des collections de GRanges Exercise 11: Une fenêtre de séquence Exercise 12: Est-ce là?Exercise 13: Plus d'informations sur ABCD1 Exercise 14: Combien de transcrits?Exercise 15: D'un objet GRangesList à un objet GRanges

ShortRead est le forfait pour l'entrée, la manipulation et l'évaluation des fichiers fasta et fastq. Vous pouvez extraire des sous-ensembles, rogner et filtrer les séquences d'intérêt, et même produire un rapport de qualité. En prime, vers les derniers exercices, vous aurez des outils pour l'évaluation de la qualité en parallèle — clin d'œil à Rqc. Et le plus intéressant : vous utiliserez pour cela des séquences de génomes de plantes!

Exercise 1: Fichiers de séquences Exercise 2: Pourquoi fastq?Exercise 3: Lecture de fichiers Exercise 4: Explorer un fichier fastq Exercise 5: Extraire un échantillon d'un fichier fastq Exercise 6: Qualité des séquences Exercise 7: Explorer la qualité des séquences Exercise 8: Graphique de qualité par base Exercise 9: Faites votre propre graphique de fréquence des nucléotides Exercise 10: Faire correspondre et filtrer Exercise 11: Filtrer des lectures à la volée!Exercise 12: Suppression des doublons Exercise 13: Encore du filtrage!Exercise 14: Évaluations multiples Exercise 15: Tracer la qualité moyenne par cycle Exercise 16: Introduction à Bioconductor