Suppression des doublons
Il est toujours recommandé de vérifier que vos lectures de séquences ne contiennent pas trop de doublons.
# Échantillon avec des doublons de classe : ShortReadQ
dfqsample
# Obtenir les lectures à partir de dfqsample
mydReads <- sread(dfqsample)
# Compter les doublons
table(srduplicated(mydReads))
Comment procéderiez-vous pour supprimer les lectures en double dans un fichier? Portez attention à la condition à utiliser dans ce filtre.
Cette activité fait partie du cours
Introduction à Bioconductor en R
Exercice interactif pratique
Passez de la théorie à l’action grâce à l’un de nos exercices interactifs
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