Accesseurs GenomicRanges
Dans l'exercice précédent, vous avez créé un objet GRanges à partir d'une trame de données contenant l'information de base. Vous verrez que GRanges peut stocker beaucoup plus!
Utilisez les méthodes d'accès pour explorer l'objet GRanges, myGR. Vous pouvez extraire de nombreuses caractéristiques d'un objet GRanges, comme les noms de chromosomes, le nombre de séquences, les noms de chaque séquence, l'information sur le brin, le score, la longueur, et plus encore.
Voici quelques accesseurs de base pour GRanges:
seqnames(gr)
ranges(gr)
mcols(gr)
genome(gr)
seqinfo(gr)
Pour obtenir la liste complète des accesseurs, vous pouvez consulter methods(class = "GRanges").
Cette activité fait partie du cours
Introduction à Bioconductor en R
Instructions de l’exercice
- Obtenez les renseignements sur les séquences pour
myGR. - Vérifiez les métadonnées avec
mcols().
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Load GenomicRanges
library(___)
# Print the seqinfo of myGR
___
# Check the metadata
___