Explorer la qualité des séquences
C'est à votre tour d'effectuer un contrôle de qualité sur fqsample. Cette étape est essentielle avant d'aller plus loin, afin de repérer rapidement tout problème dans les données.
Pour vérifier les valeurs d'encodage de chaque lettre dans quality(), utilisez encoding() :
encoding(quality(fqsample))
Pour obtenir un sommaire de l'évaluation de la qualité (QA), utilisez qa() :
qaSummary <- qa(fqsample, type = "fastq", lane = 1)
Cet objet qaSummary a déjà été créé pour vous. Vous pouvez accéder aux éléments de la QA avec qaSummary[["nameElement"]], où nameElement est le nom de l'élément que vous souhaitez examiner.
Cette activité fait partie du cours
Introduction à Bioconductor en R
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Load ShortRead
library(___)
# Check quality
___(___)