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Combien de transcrits?

Souvenez-vous de la vidéo où nous avons trouvé la longueur des exons dans l'un des transcrits de notre gène d'intérêt. À vous maintenant de déterminer combien de transcrits possède le gène ABCD1. Vous pouvez le faire avec :

transcriptsBy(x, by = "gene")

Une fois que vous avez tous les transcrits par gène, vous pouvez sélectionner n'importe quel gène par son identifiant. L'identifiant du gène ABCD1 est 215. Un petit truc pour sélectionner l'information d'un gène précis est d'utiliser des accents graves autour de l'identifiant, par exemple transcripts$`215`.

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Introduction à Bioconductor en R

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Instructions de l’exercice

  • Chargez la base de données des transcrits humains dans hg.
  • Préfiltrez le chromosome X à l'aide de seqlevels().
  • Récupérez tous les transcrits dans hg par "gene", enregistrez le résultat dans hg_chrXt et affichez-le.
  • Sélectionnez le gène `215` à partir de hg_chrXt en utilisant $.

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.

# Load the human transcripts DB to hg
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)
hg <- ___

# Prefilter chromosome X "chrX" using seqlevels()
___(___) <- c(___)

# Get all transcripts by gene and print it
hg_chrXt <- transcriptsBy(___, by = ___)
hg_chrXt

# Select gene `215` from the hg_chrXt
___$___
Modifier et exécuter le code