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Fonctions courantes de manipulation de séquences

Jusqu'ici, vous avez appris les fonctions de manipulation de séquences les plus courantes : 

reverse()
complement()
reverseComplement()
translate()

Dans la pratique, vous pouvez manipuler de très longues séquences avec ces fonctions.

Cependant, pour constater la valeur et les résultats de ces fonctions dans cet exercice, vous utiliserez un petit sous-ensemble. L'objet zikv, que vous avez déjà extrait du génome du Zika, ne compte que 30 bases.

Cette activité fait partie du cours

Introduction à Bioconductor en R

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Instructions de l’exercice

Mettez les fonctions à l'essai avec zikv :

  • Inversez la séquence.
  • Calculez le complément de la séquence.
  • Calculez le complément inversé de la séquence.
  • Traduisez la séquence.

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.

# Reverse the zikv sequence
reverse(___)

# Complement the zikv sequence
___

# Reverse complement the zikv sequence
___

# Translate the zikv sequence
___
Modifier et exécuter le code