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Des données tabulaires aux Genomic Ranges

Dans la vidéo, vous avez vu différentes façons de créer des objets GRanges. Vous pouvez définir un GRange avec le nom de l'intervalle et ses positions de début et de fin (seqnames, start et end). Si vous avez des données sous forme de tableau, vous pouvez aussi les transformer en objet GRanges. Utilisons un cadre de données appelé seq_intervals, car c'est fort probablement ainsi que vous avez enregistré vos intervalles de séquences. Remarque : vous pouvez aussi utiliser un tibble si vous y êtes plus à l'aise.

Vous allez utiliser le cadre de données prédéfini seq_intervals pour le transformer en objet GRanges à l'aide de la fonction as(). La fonction as() a été présentée dans la dernière vidéo : elle prend un objet et le nom de la classe vers laquelle effectuer la conversion.

Cette activité fait partie du cours

Introduction à Bioconductor en R

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Instructions de l’exercice

  • Chargez GenomicRanges.
  • Affichez seq_intervals pour voir sa structure.
  • Transformez seq_intervals en objet GRanges, nommez le nouvel objet myGR.
  • Affichez myGR.

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.

# Load GenomicRanges package
library(GenomicRanges)

# Print seq_intervals
___

# Create myGR
___ <- ___(___, "___")

# Print myGR
___
Modifier et exécuter le code