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Exercice

Chromosome X du génome humain

À vous d'utiliser le paquet TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene et d'en extraire de l'information. Comme dans la vidéo, vous allez créer un sous-ensemble de tous les gènes du chromosome X en utilisant la fonction genes() avec l'argument filter pour sélectionner les instances où tx_chrom = "chrX". Ensuite, vous explorerez ce sous-ensemble de gènes.

Rappelez-vous que filter reçoit une list() de conditions de filtrage pour sélectionner des intervalles génomiques précis.

Si vous souhaitez essayer d'autres filtres, les noms valides pour cette liste sont : "gene_id", "tx_id", "tx_name", "tx_chrom", "tx_strand", "exon_id", "exon_name", "exon_chrom", "exon_strand", "cds_id", "cds_name", "cds_chrom", "cds_strand" et "exon_rank".

Instructions 1/3

undefined XP
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  • Chargez TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene avec library(), assignez-le à hg, puis affichez-le.