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Exercice

Explorer un fichier fastq

Les fichiers fastq contiennent habituellement des milliers ou des millions de lectures, et leur taille peut devenir très grande! Dans cet exercice, vous utiliserez un petit sous-échantillon fastq de 500 lectures, qui tient facilement en mémoire et peut être lu au complet avec la fonction readFastq().

Le fichier de séquences original provient d'Arabidopsis thaliana, fourni par le UC Davis Genome Center. Le numéro d'accession est SRR1971253 et il a été téléchargé du Sequence Read Archive (SRA). Il contient de l'ADN de tissus foliaires, mis en commun puis séquencé sur un Illumina HiSeq 2000. Ces séquences sont des lectures simples d'une longueur de 50 paires de bases (pb).

fqsample est un objet ShortReadQ et contient des renseignements sur les lectures, les scores de qualité et les identifiants. À vous de l'explorer!

Instructions 1/3

undefined XP
    1
    2
    3
  • Chargez le package ShortRead et affichez fqsample pour le voir.