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Construire des IRanges

Dans la vidéo, vous avez vu des exemples d'utilisation du constructeur IRanges. À vous maintenant de vous exercer à créer des intervalles de séquence avec différents arguments et de voir comment ces arguments sont réutilisés ou complétés.

Avec la fonction IRanges(), vous pouvez spécifier des paramètres comme start, end ou width. Ces paramètres peuvent appartenir à l'une des deux catégories suivantes :

  • start, end et width sont des vecteurs numériques.
  • Le paramètre start est un vecteur logique.

Les arguments manquants seront déterminés à l'aide de l'équation width = end - start + 1.

Le constructeur IRanges() indique que tous les paramètres sont facultatifs et ont la valeur par défaut NULL :

IRanges(start = NULL, end = NULL, width = NULL, names = NULL)

Cette activité fait partie du cours

Introduction à Bioconductor en R

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Instructions de l’exercice

Construisez trois objets IRanges avec les arguments suivants :

  • IRnum1 : un start égal à un vecteur de valeurs de 1 à 5 et un end égal à 100.
  • IRnum2 : un end égal à 100 et un width égal à 89 et 10.
  • IRlog1 : start égal à Rle(c(F, T, T, T, F, T, T, T)).
  • Affichez les objets pour voir les résultats !

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.

# Load IRanges package
library(___)

# IRnum1: start - vector 1 through 5, end - 100  
IRnum1 <- ___

# IRnum2: end - 100, width - 89 and 10
IRnum2 <- ___

# IRlog1: start = Rle(c(F, T, T, T, F, T, T, T)))
IRlog1 <- IRanges(___ = Rle(___))

# Print objects in a list
print(list(IRnum1 = IRnum1, IRnum2 = IRnum2, IRlog1 = IRlog1))
Modifier et exécuter le code