Filtrer des lectures à la volée!
Et si, parmi toutes les lectures d'un fichier, seules certaines vous intéressaient? Vous pouvez appliquer un filtre!
Supposons que vous vouliez uniquement les lectures qui commencent par le motif "ATGCA". Une petite fonction de filtrage peut faire l'affaire en utilisant la fonction srFilter() :
myStartFilter <- srFilter(function(x) substr(sread(x), 1, 5) == "ATGCA")
Cette fonction, déjà créée pour vous, prend en entrée un objet dérivé de ShortRead et retourne les lectures qui débutent par le motif "ATGCA". Mettons-la en pratique!
Cette activité fait partie du cours
Introduction à Bioconductor en R
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Load package ShortRead
library(ShortRead)
# Check class of fqsample
___
# Filter reads into selectedReads using myStartFilter
selectedReads <- fqsample[___(___)]
# Check class of selectedReads
___