1. Apprendre
    2. /
  2. Cours
    3. /
  3. Introduction à Bioconductor en R
Connected

Exercice

Filtrer des lectures à la volée!

Et si, parmi toutes les lectures d'un fichier, seules certaines vous intéressaient? Vous pouvez appliquer un filtre!

Supposons que vous vouliez uniquement les lectures qui commencent par le motif "ATGCA". Une petite fonction de filtrage peut faire l'affaire en utilisant la fonction srFilter() :

myStartFilter <- srFilter(function(x) substr(sread(x), 1, 5) == "ATGCA")

Cette fonction, déjà créée pour vous, prend en entrée un objet dérivé de ShortRead et retourne les lectures qui débutent par le motif "ATGCA". Mettons-la en pratique!

Instructions 1/2

undefined XP
    1
    2
  • Vérifiez la classe de fqsample.
  • Appliquez le filtre myStartFilter() à fqsample et enregistrez le résultat dans selectedReads.
  • Vérifiez la classe de selectedReads.