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Exercice

Encore du filtrage!

Formidable! Maintenant que vous avez pratiqué le filtrage des lectures, utilisons la fonction polynFilter(). Cette fonction sélectionne les lectures qui contiennent moins qu'un certain nombre de nucléotides répétés. Par exemple, polynFilter(threshold = 20, nuc = c("A")) sélectionnera toutes les lectures qui contiennent moins de 20 A. Le paramètre nuc est un vecteur de caractères contenant des symboles IUPAC pour les nucléotides ou la valeur "other" pour tous les symboles non nucléotidiques.

L'objet fqsample est disponible dans votre espace de travail.

Instructions 1/3

undefined XP
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  • Extrayez les séquences de l'objet ShortRead fqsample à l'aide de la fonction appropriée.
  • Créez un filtre nommé myFil avec polynFilter et les paramètres suivants:
    • Un threshold de 3 nucléotides.
    • Un vecteur de caractères nuc égal à "A".
  • Vérifiez le filtre nouvellement créé en l'affichant dans la console.