Encore du filtrage!
Formidable! Maintenant que vous avez pratiqué le filtrage des lectures, utilisons la fonction polynFilter(). Cette fonction sélectionne les lectures qui contiennent moins qu'un certain nombre de nucléotides répétés. Par exemple, polynFilter(threshold = 20, nuc = c("A")) sélectionnera toutes les lectures qui contiennent moins de 20 A. Le paramètre nuc est un vecteur de caractères contenant des symboles IUPAC pour les nucléotides ou la valeur "other" pour tous les symboles non nucléotidiques.
L'objet fqsample est disponible dans votre espace de travail.
Cette activité fait partie du cours
Introduction à Bioconductor en R
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Check reads of fqsample
___
# Create myFil using polynFilter
myFil <- ___
# Check myFil
myFil