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Recherche d'un motif

Cherchons des occurrences d'un motif dans l'ensemble zikaVirus avec vmatchPattern(). Ensuite, essayons la même recherche de motif avec matchPattern() sur une seule séquence, zikv.

# Pour des ensembles
vmatchPattern(pattern = "ACATGGGCCTACCATGGGAG", 
              subject = zikaVirus, max.mismatch = 1)

# Pour une seule séquence
matchPattern(pattern = "ACATGGGCCTACCATGGGAG", 
              subject = zikv, max.mismatch = 1)

Les deux fonctions devraient trouver le même nombre d'occurrences, mais vous remarquerez une sortie différente. Combien de jumelages obtenons-nous en exécutant chaque recherche de motif séparément?

Cette activité fait partie du cours

Introduction à Bioconductor en R

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