1. Обучение
    2. /
  2. Курса
    3. /
  3. Introduction à Bioconductor en R
Connected

Упражнение

Extraire un échantillon d'un fichier fastq

À vous de prélever un échantillon à partir d'une séquence contenant de nombreuses lectures.

Vous utiliserez le même fichier que dans l'exercice précédent. Ce fichier contient 500 lectures, chacune de 50 pb. Le chemin du fichier est stocké dans un objet appelé f.

En utilisant FastqSampler(con = file_path, n = length), set.seed() et yield(), vous pouvez extraire 100 lectures de votre fichier de séquences.

Инструкции

100 XP
  • Chargez ShortRead.
  • Utilisez set.seed() avec la valeur 1234.
  • Utilisez FastqSampler() avec le petit fichier fastq situé dans f et sélectionnez 100 lectures.
  • Utilisez yield() pour générer la sous-séquence.