Une fenêtre de séquence

Pour partitionner temporairement des sections de vos séquences, vous utiliserez le concept de fenêtres d'une largeur donnée qui se déplacent par pas. Comme vous l'avez vu dans la vidéo, GRanges fournit la fonction slidingWindows(), avec des arguments comme width et step.

slidingWindows(x, width, step = 1L)

L'objet GRanges nommé ABCD1, avec l'identifiant de gène 215 et une longueur de 19895, a été préchargé pour cet exercice. Utilisez la fonction ranges() pour voir sa structure.

ranges(ABCD1)

Si vous aviez besoin exactement de 2 fenêtres en utilisant step = 1L, quelle serait la largeur maximale permise pour chaque fenêtre?