峰调用
测序读段分布在整个基因组上，但被目标蛋白结合的位置会聚集大量重叠的读段，从而在覆盖度上形成"峰"。这些峰通常以其基因组坐标记录，并附带一个分数，用于表示该峰观测到的信号强度。
一组峰调用已经为您加载到 R 中。这些峰调用保存在名为 peaks 的 GenomicRanges 对象里。除了访问 GenomicRanges 对象内容的常用函数外，这里还为峰调用提供了两个便捷函数。您可以使用 chrom 函数获取峰所在的染色体，使用 score 函数获取其分数。
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析
练习说明
- 打印
peaks的摘要。 - 使用
score()函数找到得分最高的峰的索引。 - 使用
chrom()和ranges()函数提取得分最高峰的基因组坐标。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Print a summary of the 'peaks' object
print(___)
# Use the score function to find the index of the highest scoring peak
max_idx <- which.max(___(peaks))
# Extract the genomic coordinates of the highest scoring peak using the `chrom` and `ranges` functions
max_peak_chrom <- ___(peaks)[___]
max_peak_range <- ___