细化绘制某一基因组区域
现在轮到您使用 Gviz 绘制一个基因组区域了。本练习中的所有数据均来自同一样本的第 20 号染色体。已为您创建了第 20 号染色体的核型图，可通过 ideogram 使用。比对得到的 reads 已转换为覆盖度数据，这些信息以名为 GRanges 的对象 cover_ranges 提供。您将要绘制区域内的峰调用保存在 peak_calls 对象中。
加载本练习所需的数据与 R 包可能需要片刻时间，请耐心等待。
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析
练习说明
- 为峰调用创建注释轨道。
- 为 reads 覆盖度创建数据轨道。
- 显示绘图，并按从上到下的顺序呈现：核型图、覆盖度轨道、峰调用轨道，以及显示基因组位置的坐标轴。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Create annotation track
peak_track <- AnnotationTrack(___, name="Peaks")
# Create data track
cover_track <- ___(cover_ranges, window=10500, type="polygon", name="Coverage",
fill.mountain=c("lighgrey", "lightgrey"), col.mountain="grey")
# Produce plot
___(list(ideogram, ___, ___, GenomeAxisTrack()), chromosome="chr20", from=start_pos, to=end_pos)