理解对通路的影响
通路是对基因进行分组的另一种有用方式。在本练习中，您将查看通路富集分析的结果，该分析关注在原发肿瘤样本中更显著的峰。对象 enrich_primary 包含这些结果。它是一个包含 4 个条目的列表。此时您的主要关注点是 results，这是一个按显著性排序的富集结果数据框。它包含基因集的 ID 和名称，以及属于该基因集且与峰相关联的基因。这里的基因以 Entrez ID 报告。您可以使用 org.Hs.eg.db 包提供的数据库在 Entrez ID 与基因符号之间进行转换。select() 函数提供了一个便捷接口，可使用 ENTREZID 键类型从 SYMBOL 列中选择条目。
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析
练习说明
- 查看排名靠前的基因集。
- 提取排名最高的基因集的基因 ID。
- 将基因 ID 拆分为向量。
- 将基因 ID 转换为基因符号。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Examine the top gene sets
head(___$results)
# Extract the gene IDs for the top ranking set
genes <- ___$___$Geneset.Peak.Genes[1]
# Split gene IDs into a vector
gene_ids <- strsplit(___, ', ')[[1]]
# Convert gene IDs to gene symbols
gene_symbol <- select(org.Hs.eg.db, keys=___, columns="___", keytype="___")
# Print the result
___(gene_symbol)