深入查看通路
在本练习中，您将构建一个 URL，用于链接到富集分析识别的某条通路，并高亮带有 ChIP-seq 峰的基因。这样可以让您概览这些基因（更准确地说，是其编码的蛋白质）彼此之间及与其他蛋白质的相互作用。随着经验积累，这能快速提示可能的作用机制，从而解释研究中不同分组之间的差异。
此类 URL 的通用格式为：https://www.kegg.jp/pathway/pathway/<pathway_id>+<gene_id>+...+<gene_id>
您将构建显示富集分析中排名最高通路的 URL，并高亮与峰相关的基因。您之前创建的对象 top_path 和 genes 已在工作区中可用。
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析
练习说明
- 将通路 ID 添加到 URL。
- 将与峰相关的通路内基因 ID 合并为一个由
'+'分隔的字符串。 - 将该基因选择字符串添加到 URL。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# This is the base URL for all KEGG pathways
base_url <- "https://www.kegg.jp/pathway/"
# Add pathway ID to URL
path_url <- paste0(base_url, ___)
# Collapse gene IDs into selection string
gene_select <- paste(___, collapse="+")
# Add gene IDs to URL
path_url <- paste(___, ___, sep="+")