使用注释
在本练习中，您将使用来自 TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene 包的基因坐标。该包提供所有已知人类基因的坐标。一个包含第 20 号染色体上各基因坐标及唯一 ID 的 GRanges 对象已为您加载，命名为 human_genes。
虽然这些 ID 便于标识基因，但并不直观。添加更易读的基因符号会更有帮助。您可以借助 org.Hs.eg.db 包来完成，它提供不同基因标识符集合之间的映射。通过 select() 函数，您可以为每个 ID 获取基因符号（存放在 SYMBOL 列中）。提取出这些信息后，您就可以将其添加到基因位置表中。
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析
练习说明
- 从 org.Hs.eg.db 的
SYMBOL列获取基因符号。 - 查看返回注释的结构。
- 将基因符号添加到
human_genes。 - 查看结果。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Obtain gene symbols
gene_symbol <- ___(org.Hs.eg.db, keys=human_genes$gene_id, columns="SYMBOL", keytype="ENTREZID")
# Examine the structure of the returned annotations
str(___)
# Add gene symbols to gene coordinates
human_genes$symbol <- ___
# Examine output
print(human_genes)